Os valores de Fluxo de Caixa e Lucro nem sempre baterão. Os lucros são baseados nas vendas, ou seja, apenas relacionado ao preço de vendas X preço de custo dos produtos vendidos.
Já o Fluxo de Caixa não, ele é baseado em tudo que você adquiriu em estoque. Sendo assim, você pode ter um grande volume de estoque, o qual teve um custo, portanto, entrou no fluxo de caixa como custo. Mas pode ser que este estoque ainda não tenha sido vendido, sendo assim, ele ainda não é computado no lucro.

Segue um material de referência importante para entender um pouco mais sobre este assunto:
http://consultoriaadistancia.com.br/blog/lucro-x-caixa-diferenca-entre-lucro-e-caixa/